エアコン取外し後、エアコン配管用の穴は塞いでくれますか？

はい。配管穴は塞ぎます。マンションなどの備え付けのキャップがある場合は、工事の際にご準備ください。
備え付けのキャップが無い場合でも、エアコン取外し後パテを使用して配管の穴を塞ぎます。
穴埋めキャップやパテ埋めをすることにより雨水や虫などの室内への侵入を防ぎます。