他社と見積り比較してからでも大丈夫でしょうか？

もちろん他社さまと比較してから決めていただいても構いません。エアコンクリーニングと言っても、「取り付けたまま行うもの」と、「取り外して、分解洗浄するもの」とがあります。
サービス内容をよく調べてから比較されるのが良いかと思います。また、万が一の時に保証があるのか、修理もしてもらえるのかなども、同時にチェックしておかれたほうが、施行後のトラブルを避けることができるのではないでしょうか。